How Do Food Compounds Interact with Their Protein Targets? Alternative Modes for Protein Binding
Notice bibliographique
Résumé
A large body of research is oriented toward the determination of the mechanism of action of food compounds at the molecular level in order to rationalize the important role of these molecules in health and as a source of new drugs. In this work, we perform a systematic analysis of all the food-protein complexes at atomic resolution present in the Protein Data Bank. We analyze both the interaction types used in their binding as well as the functional groups involved in these; from the protein side, we also analyze the partner amino acid types and their interaction types, as well as the corresponding protein classes. For the analysis, food compounds are divided into a set of molecules derived from fatty lipids (FoodFL, which includes glycerolipids, glycerophospholipids, and fatty acyls) and the rest of the molecules (FoodnoFL), since these correspond to highly dissimilar chemical spaces. As a control, a set of drugs is used. From this analysis, it is found that the three compound sets establish protein-ligand complexes through alternative binding modes. Thus, although the most dominant interaction in the three sets is the hydrophobic one, each compound set displays some characteristic interaction types compared with the others. FoodnoFL compounds have a characteristically high content of hydrogen bonds, salt bridges, cation-π interactions, and metal coordinations, while FoodFL compounds have characteristically high hydrophobic interactions. In turn, drugs stem for their characteristically high π-π, cation-π, and halogen bond interactions. These differences result from differences in the types and relative abundances of functional groups, differential usage of interaction types by the same functional groups, and differential usage of interaction types by the partner amino acids. This new knowledge can be exploited in the design of new drugs inspired by food compounds.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».