Spectrum of clinically significant melanized fungi in NIH hospitalized patients and their antifungal susceptibility profiles
Notice bibliographique
Résumé
Melanized fungi have occasionally been identified as causative agents of severe phaeohyphomycoses, chromoblastomycosis, and mycetoma. In a retrospective study conducted from January 2012 to December 2022, a total of 133 melanized fungi were isolated from hospitalized patients at the NIH Clinical Center, both with and without known underlying predisposing factors. Isolate identification was based on phenotypic characteristics, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-ToF MS), and PCR sequencing of the rDNA internal transcribed spacer (ITS) region. Members of the black yeast order Chaetothyriales were the most prevalent (40, 30%), predominantly Exophiala dermatitidis (30/40, 75%). Other major groups included: Capnodiales (30, 22.6%), Pleosporales (24, 18%), Mycosphaerellales (19, 14.3%), Calosphaeriales (8, 6%), and Venturiales (7, 5.3%). MALDI-ToF often failed to accurately identify the isolates, except for E. dermatitidis, which yielded scores ≥2. ITS sequencing was effective in accurately identifying the melanized fungi encountered in clinical settings. Antifungal susceptibility testing against eight antifungal agents showed that azoles, micafungin, and terbinafine exhibited in vitro activity against most isolates. In contrast, olorofim and amphotericin B were less effective. Notably, Phaeoacremonium species (Calosphaeriales) exhibited distinct antifungal susceptibility patterns. Accurate identification of melanized fungi in clinical laboratories is essential for selecting effective antifungal therapy, understanding susceptibility patterns to available agents, supporting epidemiological monitoring, and ultimately enhancing clinical outcomes in patients affected by these often complex and opportunistic infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».