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Enregistrement W4413108664 · doi:10.1038/s44321-025-00285-5

Rewriting nuclear epigenetic scripts in mitochondrial diseases as a strategy for heteroplasmy control

2025· article· en· W4413108664 sur OpenAlexfundno aff
María Julia Pérez, Rocío B. Colombo, Sebastián Real, Marı́a Teresita Branham, Sergio Laurito, Carlos T. Moraes, Lía Mayorga

Notice bibliographique

RevueEMBO Molecular Medicine · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMitochondrial Function and Pathology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesArmy Research OfficeNational Eye InstituteMuscular Dystrophy AssociationLeonard M. Miller School of MedicineMinisterio de Ciencia y Tecnología, Gobierno de la Provincia de CórdobaConsejo Nacional de Investigaciones Científicas y TécnicasNational Institutes of HealthAgencia Nacional de Promoción de la Investigación, el Desarrollo Tecnológico y la InnovaciónResearch to Prevent BlindnessInternational Union of Biochemistry and Molecular BiologyUnited Mitochondrial Disease FoundationUniversity of MiamiFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésHeteroplasmyEpigeneticsMitochondrial DNARewritingMitochondrial diseaseGeneticsComputational biologyBiologyEpigenesisMitochondrionScripting languageControl (management)Computer scienceBioinformaticsCell biologyProgramming languageDNA methylationArtificial intelligenceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Mitochondrial diseases, caused by mutations in nuclear or mitochondrial DNA (mtDNA), have limited treatment options. For mtDNA mutations, reducing the mutant-to-wild-type mtDNA ratio (heteroplasmy shift) is a promising strategy, though it currently faces challenges. Previous research showed that severe mitochondrial dysfunction triggers an adaptive nuclear epigenetic response, through changes in DNA methylation, absent or less important for subtle mitochondrial impairment. Therefore, we hypothesized that targeting nuclear DNA methylation could impair cells with high-mutant mtDNA load while sparing those with lower levels, reducing overall heteroplasmy. Using cybrid models harboring two disease-causing mtDNA mutations-m.13513 G > A and m.8344 A > G-at varying heteroplasmies, we discovered that both the mutation type and load distinctly shape the nuclear DNA methylome. We found this methylation pattern critical for the survival of high-heteroplasmy cells but not for low-heteroplasmy ones. Treatment with FDA-approved DNA methylation inhibitors selectively impacted high-heteroplasmy cybrids and reduced heteroplasmy. These findings were validated in cultured cells and xenografts. Our findings highlight nuclear DNA methylation as a key regulator of heteroplasmic cell survival and a potential therapeutic target for mitochondrial diseases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,756
Score d'incertitude au seuil0,884

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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