A targeted tiled amplicon sequencing approach for clade and subclade level differentiation of monkeypox virus from wastewater
Notice bibliographique
Résumé
Wastewater-based surveillance (WBS) has modernized in recent years and emerged as an important tool for the monitoring of viral pathogens, including monkeypox virus (MPXV). Here we describe a novel targeted amplicon sequencing method developed for clade and subclade characterization of MPXV from municipal wastewater. This new method addresses the limitations of PCR-based methods and the challenges of sequencing a pathogen displaying low viral load in municipal wastewater samples. A tiled amplicon scheme composed of 11 primer pairs targeting a 4.2 kb portion of the inverted terminal repeat (ITR) region of the MPXV genome was designed and tested. In silico analysis demonstrated high accuracy for clade and subclade calls using the full target region, with specific amplicons also exhibiting strong performance individually. An MPXV consensus sequence representing the entire target region was successfully sequenced from a wastewater sample and differentiated from positive controls by a distinct deletion within a short homopolymeric region. Notably, clade-informing data was also achieved from partial sequences recovered from lower abundance samples. This study presents a new sequencing method targeting MPXV with enhanced genomic resolution compared to existing PCR-based approaches, providing critical genomic-level information informing MPXV surveillance and public health interventions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».