IF-CRIB: A 3D-printable device to facilitate immunofluorescence experiments and its application in screening and characterizing cells expressing a degradable form of ERK2
Notice bibliographique
Résumé
• The 3D-printable IF-CRIB simplifies washing and incubation steps in immunofluorescence on round coverslips; files included. • Improved rapid immunofluorescence protocol (IF-Express) designed for experiments with multiple experimental conditions. • Using IF-CRIB and IF-Express to screen and analyse knock-in cells expressing degradable ERK2-dTAG replacing endogenous ERK2. • Detailed methodology for generating ERK2-dTAG cells (PROTAC System) is provided with this work. Immunofluorescence-based detection of proteins in fixed cells is a powerful tool for research in cell and developmental biology. While a variety of immunofluorescence protocols exist, they can be time consuming or require expensive equipment which may not be accessible to all laboratories. A common challenge in these protocols is the numerous washing steps, particularly in experiments with numerous conditions. To address this, here we introduce the IF-CRIB device, a 3D-printable wash rack specifically designed for applications involving a high number of round coverslips with adherent cultured cells. We detail its design and the 3D printing process which can be easily used by any laboratory and we highlight that it facilitates the numerous washing steps. In addition, we present the IF-Express protocol, an optimized and effective method that enables fast and consistent immunofluorescence results. As an example of the utility of the IF-CRIB device and the IF-Express protocol, we describe their application in the screening and characterization of several NIH3T3 cell clones expressing a degradable form of ERK2 kinase (ERK2-dTAG) after treatment with the dTAG-13 compound. The generation of ERK2-dTAG clones involves a knock-in strategy. We provide a detailed methodology for clone selection, immunofluorescence screening, and characterization of ERK2-dTAG, including degradation kinetics, dose–response analysis, and nuclear translocation assays to assess ERK2-dTAG functionality. The IF-CRIB device and IF-Express protocol has been proven to be efficient for the obtention and characterization of ERK2dTAG-expressing clones thereby offering a powerful framework for studying ERK2 dynamics in cell biology and disease models.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».