Identification of arboviruses in mosquito populations in KwaZulu-Natal, South Africa and the first record of Wyeomyia mitchellii in the Old World
Notice bibliographique
Résumé
Mosquito-borne viruses have the potential to spread and cause outbreaks with significant public and veterinary health consequences. Although historically a significant number of arboviruses were identified in South Africa with potential to cause sporadic outbreaks, there is limited information on the current situation in some regions of the country. Hence a study was initiated to investigate which arboviruses are currently circulating within mosquito populations in a major metropolitan area, eThekwini, KwaZulu-Natal Province. Mosquitoes were collected from seven sites throughout the metropole and a subset were screened for arboviruses from the families Togaviridae, Phenuiviridae and Peribunyaviridae. The subset of 1831 mosquitoes were collected between October 2020 and July 2021, identified morphologically, and pooled according to species, collection site and collection date. RNA was extracted from a total of 261 mosquito pools and screened using in-house nested and hemi-nested reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). Primers targeting conserved genes for each viral genus were used in a nested or hemi-nested two-step RT-PCR. Amplicons were sequenced to determine the virus species. Arboviral RNA was detected from 15/261 mosquito pools. The amplicons were subsequently sequenced using the Oxford Nanopore MinION. The positive samples included a Sindbis virus (SINV) isolate, three isolates of Witwatersrand virus (WITV), and 11 isolates of Bunyamwera virus (BUNV). Phylogenetic analysis of partial sequence data suggested that none were newly introduced but closely related isolates previously detected in the country. SINV is known to cause outbreaks of human disease after heavy rainfall, favoring an increase in mosquito populations. Bunyamwera virus has been associated with human febrile disease, but severe disease and regular outbreaks have not been reported previously and requires further investigation. The medical significance of WITV is currently unknown. Wyeomyia mitchellii, a New World species, is for the first time confirmed as an introduced species in South Africa and highlights the importance of vector surveillance. Identification of circulating viruses and raising the awareness of the presence of these viruses is important for early detection and determining the public health significance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».