Comparative Decay Dynamics and Detectability of <scp>eDNA</scp> and <scp>eRNA</scp> in Connected and Isolated Freshwater Mesocosms Using Digital <scp>PCR</scp>
Notice bibliographique
Résumé
Efficient use of environmental nucleic acids (eNAs) in freshwater biodiversity monitoring requires understanding their degradation and detectability in interconnected ecosystems. We employed a novel field-scale assay to compare environmental DNA (eDNA) and environmental RNA (eRNA) decay rates and detectability across four genetic markers (16S, 18S, COI and LDHA) in connected and isolated 1000-L mesocosms containing natural planktonic assemblages. This design provides ecologically relevant and complex settings to assess how connectivity influences the detectability of eNA over time. Isolated and head mesocosms were spiked with eNAs from cultured Daphnia pulex, absent from the water source, while downstream mesocosms received eNAs via unidirectional water transfers. Using digital PCR (dPCR), we captured fine-scale temporal patterns across mitochondrial and nuclear markers and transcript types (mRNA and rRNA), an approach rarely combined in previous research. eRNA degraded significantly faster than eDNA across markers and mesocosm types. Among RNA types, mRNA (COI, LDHA) degraded faster than rRNA (16S, 18S). eRNA followed a uniform monophasic decay pattern, whereas eDNA displayed biphasic decay for nuclear markers and monophasic decay for mitochondrial markers. eNA decay rates in this field-relevant mesocosm network exceeded those from laboratory scale. While decay rates remained consistent across networks, detectability declined with dilution. Even after a 10,000-fold dilution, both eNAs were detected in terminal mesocosms, demonstrating effective transport across the network. Although RNA degrades rapidly, high detectability was achieved across diverse dilutions using dPCR, highlighting eRNA's potential for detecting active biological communities in freshwater systems.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».