Unlocking genetic potential: harnessing phage for targeted mutagenesis in phage-assisted evolution.
Notice bibliographique
Résumé
A critical challenge in DNA library genesis for evolution systems is avoiding off-target mutations, which can introduce undesirable changes elsewhere in the plasmid or even the host's genome: such mutations can allow cells or phages to propagate regardless of selective pressure. To construct a diverse pool of genes with mutations restricted to the gene-of-interest (GOI), we merged the strengths of phage-assisted evolution with the MutaT7 system for targeted mutagenesis. Hence, phage infection transfers genetic material to host cells where the MutaT7 system initiates targeted gene alteration. Our viral eMPAE system (enhanced mutation phage-assisted evolution) has three significant advantages over current state-of-the-art. (i) Up to 9 mutations in the GOI at a mutation rate of 5.6 mutations kb-1 day-1; in comparison, two of the most active mutagenesis plasmids, eMutaT7 and MP6, showed just one or no mutations in the GOI under phage-assisted conditions. (ii) No off-target mutations in the entire 6600 base-pair plasmid carrying the GOI; in contrast, MP6 mutations are completely untargeted. (iii) Our system allows easy substitution of GOI and DNA-modifying enzymes through unique restriction sites. Our proof-of-concept evolution experiment validates that protein variants obtained from eMPAE can withstand selective pressure and outperform the parent protein in binding assays. With its superior targeted mutagenesis ability, eMPAE is a transformative tool for constructing a diverse library of mutants. It is especially valuable for directed evolution, as its off-target mutation rate of <6.2 × 10-3 mutations kb-1 day-1 in the target plasmid minimizes the risk of creating cheater phages that circumvent selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».