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Enregistrement W4413113522 · doi:10.1093/nar/gkaf755

Structural and mechanistic insights into the transcriptional regulation of chromosomal T6SS by large conjugative plasmid-encoded TetRs in <i>Acinetobacter baumannii</i>

2025· article· en· W4413113522 sur OpenAlexaff
Wenbo He, Zhenlin Ouyang, Jiaxin Zhang, Xiaolong Guo, Min Jiao, Qian Qin, Xiaoyu He, Kang Li, Peter M. Hwang, Fang Zheng, Guangjian Zhang, Yurong Wen

Notice bibliographique

RevueNucleic Acids Research · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Natural Science Foundation of ChinaFirst Affiliated Hospital of Xi'an Jiaotong University
Mots-clésBiologyAcinetobacter baumanniiGeneticsPlasmidDNA Transposable ElementsComputational biologyBacterial geneticsGeneTransposable elementGenomePseudomonas aeruginosaBacteriaEscherichia coli

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The type VI secretion system (T6SS) is a highly sophisticated nanomachine widely used by bacteria to achieve competitive advantage, important for survival and pathogenicity. In Acinetobacter baumannii, the large conjugative plasmid pAB3 encodes two TetR-family transcriptional regulators, TetR1 and TetR2, that play crucial roles in restricting T6SS function and promoting recipient survival after conjugation. Using X-ray crystallography, we demonstrate that the plasmid-encoded TetRs are structurally homologous but distinct in DNA sequence binding preferences, which we have also mapped out using chromatin immunoprecipitation and validated with electrophoretic mobility shift assay and isothermal titration calorimetry. Transcriptomics and functional studies demonstrated that TetR1 and TetR2 collaboratively downregulate most of the components of the T6SS, but they also impact metabolic pathways and biofilm formation, having an impact on cell morphology, invasiveness, and virulence in a mouse infection model. Taken together, this work provides structural and mechanistic insights into the widespread regulatory influence of plasmid-encoded TetR1 and TetR2 in A. baumannii, providing new insights into plasmid-chromosome cross-regulating pathways and enlightening antimicrobial drug discovery targeting A. baumannii.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,306
Écart entre enseignants0,290 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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