The T-cell receptor repertoire of wild mice
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Wild animals live in a pathogen-rich environment, and are normally infected with a wide range of micro- and macro-parasites. Wild animals’ T cells are central to the effectiveness of their adaptive immune response in ameliorating the effect of these infections. Here we have investigated the T-cell receptor (TCR) repertoire of wild mice to investigate how it varies in animals of different ages and sex, and from different sites. We sequenced the TCR alpha and beta chains of CD4 + and CD8 + T-cells of 65 wild Mus musculus domesticus from two UK sites. We analysed repertoire richness and diversity finding that wild mice have large TCR repertoires. Repertoire richness, which measures the breadth of the repertoire, was not significantly affected by mouse age or sex, suggesting that wild mice maintain the capacity to respond to novel antigens throughout their lives. In contrast, repertoire diversity (measured by Shannon’s index) was affected by a mouse sex-by-age interaction. This low diversity, coupled with constant richness, points to older mice having comparatively more highly abundant clones in their repertoires, perhaps due to chronic exposure to persistent pathogens in their environment. These findings provide a novel description of the wild mouse TCR, revealing an immune system that balances maintaining a broad response capacity with developing strong, lasting responses to infections in the natural environment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».