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Enregistrement W4413183765 · doi:10.1101/2025.08.06.668521

A Scalable Toolkit for Modeling 3D Surface-based Brain Geometry

2025· preprint· en· W4413183765 sur OpenAlexaff
Yanghee Im, Leila Nabulsi, Melody J.Y. Kang, Sophia I. Thomopoulos, Ana M. Díaz Zuluaga, Anders M. Dale, Andriana Karuk, Annabella Di Giorgio, Benson Mwangi, Boris A. Gutman, Bronwyn J. Overs, Carlos López‐Jaramillo, Colm McDonald, Dan J. Stein, Dara M. Cannon, David C. Glahn, Diego Hidalgo‐Mazzei, Diliana Pecheva, Dominik Grotegerd, Edith Pomarol-Clotet, Eduard Vieta, Émilie Olié, Enric Vilajosana Chertó, Fabio Sambataro, Fleur M. Howells, Freda Scheffler, Geraldo F. Busatto, Gerard Anmella, Giovana Zunta‐Soares, Gloria Roberts, Henk Temmingh, Ian H. Gotlib, Ingrid Agartz, Jair C. Soares, James A. Karantonis, James J. Prisciandaro, Janice M. Fullerton, Joaquim Raduà, Jonathan Savitz, Josselin Houenou, Kang Sim, Kenichiro Harada, Klaus Berger, Koji Matsuo, Lakshmi N. Yatham, Lars T. Westlye, Lisa T. Eyler, Lisa S. Furlong, Anna Luisa Klahn, Marco Hermesdorf, Marcus V. Zanetti, Matthew J. Kempton, Matthew D. Sacchet, Mikael Landén, Mon‐Ju Wu, Pedro G. P. Rosa, Philip B. Mitchell, Pravesh Parekh, Raymond Salvador, Rayus Kuplicki, Salvador Sarró, Susan L. Rossell, Tamsyn E. Van Rheenen, Theodore D. Satterthwaite, Tilo Kircher, Tomáš Hájek, Udo Dannlowski, Xavier Caseras, Yuji Zhao, Ole A. Andreassen, Paul M. Thompson, Christopher R. K. Ching

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced Neuroimaging Techniques and Applications
Établissements canadiensDalhousie UniversityUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingNational Institutes of HealthNational Health and Medical Research CouncilNorges ForskningsrådMedical University of South CarolinaNational Imaging FacilityBundesministerium für Bildung und ForschungAustralian Rotary HealthSwinburne University of TechnologyUniversity of New South WalesDeutsche ForschungsgemeinschaftJohn S. Dunn FoundationEuropean CommissionNational Institute of Mental HealthMinisterio de Ciencia, Tecnología e InnovaciónUniversity of Texas Health Science Center at Houston
Mots-clésGeometrySurface (topology)ScalabilityComputer scienceComputer graphics (images)MathematicsDatabase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract 3D surface-based computational mapping is more sensitive to localized brain alterations in neurological, developmental and psychiatric conditions than traditional gross volumetric analysis, providing fine-scale 3D maps of a wide range of surface-based features. Here we introduce a scalable toolkit for large-scale computational surface analysis, with efficient algorithms for multisite data integration, statistical harmonization, accelerated multivariate statistics, and visualization. We showcase the utility of the toolkit by mapping subcortical shape variations and factors that affect them across 21 international samples from the ENIGMA Bipolar Disorder Working Group (N=3,373).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,014
Score d'incertitude au seuil0,046

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0030,004
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0140,006

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,048
Tête enseignante GPT0,306
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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