Genotype Distribution and Migration Patterns of Hepatitis C Virus in Shandong Province, China: Molecular Epidemiology and Phylogenetic Study
Notice bibliographique
Résumé
Background: Hepatitis C virus (HCV) remains a significant public health concern in China, particularly in Shandong Province, where detailed molecular epidemiological data are limited. HCV exhibits substantial genetic diversity, and understanding its genotype distribution and transmission dynamics is critical for developing effective control strategies. Objective: This study aimed to investigate the genetic diversity, geographic dissemination, and evolutionary history of HCV genotypes in Shandong Province, China, using molecular techniques and phylogenetic methods. Methods: A total of 320 HCV-positive serum samples were collected from multiple hospitals across Shandong Province between 2013 and 2021. HCV RNA was extracted and amplified targeting the 5' untranslated region (UTR), Core, and NS5B regions. Sequencing was conducted, and genotypes were determined using the National Center for Biotechnology Information's Basic Local Alignment Search Tool (NCBI BLAST). Phylogenetic trees were constructed using maximum likelihood methods with the general time reversible with Gamma-distributed rate variation among sites [(GTR)+Gamma model]. The temporal and geographic evolution of the major subtypes (1b and 2a) was analyzed using Bayesian Markov chain Monte Carlo (MCMC) methods implemented in Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST). The Bayesian skyline plot (BSP) was used to infer population dynamics and estimate the time to the most recent common ancestor (tMRCA). Results: Genotypes 1b (n=165) and 2a (n=131) were identified as the predominant subtypes, with a small number of genotypes 3b, 6a, 6k, and potential recombinant strains also detected. Phylogenetic analysis revealed distinct evolutionary clustering of 1b and 2a strains, suggesting multiple diffusion events within the province. The tMRCA of subtypes 1b and 2a were estimated to be 1957 and 1979, respectively. Bayesian skyline analysis showed that both subtypes experienced long-term population stability, followed by a rapid expansion period between 2014 and 2019 (1b) and 2014 to 2016 (2a), respectively. The analysis also identified key transmission hubs such as Jinan, Liaocheng, Tai'an, and Dezhou, indicating city-level variations in HCV spread. Conclusions: This study provides data-supported insights into the genotypic landscape and evolutionary patterns of HCV in Shandong Province. The identification of dominant subtypes, potential recombinant strains, and regional transmission pathways enhances our understanding of local HCV epidemiology. These findings have implications for public health policy, resource allocation, and targeted treatment strategies. The integration of molecular epidemiology and phylogenetics offers a valuable model for infectious disease surveillance and control in similar settings.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».