Unexpected modulation of Hna phage defense activity by the symbiotic regulator NolR
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The Hna phage defense system is one of many systems that protect bacteria against bacterial viruses (phages). Hna was first discovered in the nitrogen-fixing alphaproteobacterium Sinorhizobium meliloti , which forms root nodules on leguminous plants. We report that the efficacy of the Hna system depends on NolR, a transcriptional regulator known to regulate expression of nodulation genes. Strains carrying a mutant nolR gene (e.g., the widely used laboratory strain Rm1021) display dramatically reduced Hna-mediated phage resistance compared to those with the wild-type nolR gene. hna expression is approximately doubled in nolR + (wild-type) compared to nolR – strains. Integration of a second copy of hna increased phage resistance in a nolR – strain >1,000-fold, indicating that a moderate hna expression difference is sufficient to affect the Hna phage resistance phenotype. NolR does not appear to directly regulate hna , as there is no predicted NolR binding site upstream of hna , and purified NolR protein does not bind to the hna upstream sequence. Other genes whose transcription is regulated by NolR were identified through RNA-seq experiments. These include the lipopolysaccharide sulfotransferase gene lpsS , which is located downstream of a NolR binding site. This work illustrates how modest differences in expression between strains can dramatically alter the protective phenotype of a defense system. IMPORTANCE The ability of a bacterial culture to survive phage infection is significant in both medical (phage therapy) and industrial (e.g., cheese production) contexts. This study describes a factor that influences the efficacy of a recently discovered phage defense system (Hna) in the agriculturally relevant soil bacterium Sinorhizobium meliloti . Like other phage defense systems, Hna systems undergo extensive horizontal transfer and must be able to maintain functionality across different genetic backgrounds. Our work demonstrates that host factor differences can significantly impact the performance of phage defense systems.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».