Sad from Proteobacteria is a Structurally Distinct ALDH3 Enzyme Specialized for the Oxidation of Steroidal Aldehydes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The steroid aldehyde dehydrogenase (Sad) from Proteobacteria is a class 3 aldehyde dehydrogenase (ALDH3) that catalyzes the oxidation of C3 steroid side chain aldehydes during bile acid catabolism. The 1.8 Å structure of the enzyme revealed an expanded active site that was able to accommodate bulky steroids, including bile acid intermediates and cholesterol derivatives, with minimal selectivity for ring-conformation or hydroxylation. Sad can utilize both NAD+ and NADP+ as coenzymes, likely due to a truncated N-terminus and a flexible Glu149 residue, which can avoid steric and electrostatic repulsion with the 2′-phosphate of NADP+ while retaining the ability to hydrogen bond to the C2′-OH of NAD+. Sad was over 1000-fold more specific for steroid aldehyde substrates than for smaller molecules such as benzaldehyde. Structural comparison with the homologousPseudomonas putida benzaldehyde dehydrogenase (PpBADH) suggested residues that might contribute to the ability of Sad to utilize bulky steroid substrates. Replacement of these residues in an F400A/L125T PpBADH double-variant resulted in a ∼39-fold increase in catalytic efficiency toward steroid aldehyde compared with the wild-type enzyme. This study advances our understanding of the molecular determinants of substrate specificity within the ALDH3 family and lays the groundwork for biocatalytic applications of steroid aldehyde dehydrogenases in the production of steroid pharmaceuticals and the bioremediation of steroidal pollutants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».