Phylogenomic and comparative analyses on protein sequences from Halobacteria to identify taxon-specific molecular markers which demarcate different Halobacteriaceae and Haloarculaceae genera
Notice bibliographique
Résumé
Members of the class Halobacteria, due to their widespread distribution in different high-salt environments and potential biotechnological applications, are being discovered at a rapid pace. In recent years, the classification of Halobacteria has undergone major changes, and this class is now divided into 10 families consisting of >77 genera. However, different Halobacteria taxa are presently distinguished based mainly on their branching in phylogenomic trees. No specific characteristics are known which are unique to members of different taxa. To advance our understanding of Halobacteria taxa in this regard, we report here comprehensive phylogenomic and comparative analyses on species from two Halobacteria families, viz. Haloarculaceae and Halobacteriaceae. A phylogenomic tree for 385 Halobacteria species constructed in this work supported the current taxonomy. However, the main objective of this study was to identify molecular markers consisting of conserved signature indels (CSIs) in protein sequences which are uniquely found in the species from the above two families, or those which are specific to their different genera. Our work has identified 105 CSIs in diverse proteins, some of which are specific to Halobacteriaceae, whereas others are exclusively shared characteristics of different Haloarculaceae and Halobacteriaceae genera. Based upon the described CSIs, all genera from these two families containing two or more named species (viz. Halapricum, Halarchaeum, Haloarcula, Halobacterium, Halocatena, Haloglomus, Halomarina, Halomicrobium, Halorarius, Halorhabdus, Halorientalis, Halosegnis, Halosimplex, Halovenus and Natronomonas) can be robustly distinguished from all other Halobacteria genera. The identified CSIs, which are also present in uncharacterized strains of these taxa, provide more definitive means for the demarcation of these Halobacteria taxa and for the identification of new species/strains related to these genera. Because of the predicted functional importance of these CSIs, these taxon-specific molecular markers also provide novel tools for genetic, biochemical and functional studies on these groups of Halobacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».