Sparse autoencoders uncover biologically interpretable features in protein language model representations
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Foundation models in biology-particularly protein language models (PLMs)-have enabled ground-breaking predictions in protein structure, function, and beyond. However, the "black-box" nature of these representations limits transparency and explainability, posing challenges for human-AI collaboration and leaving open questions about their human-interpretable features. Here, we leverage sparse autoencoders (SAEs) and a variant, transcoders, from natural language processing to extract, in a completely unsupervised fashion, interpretable sparse features present in both protein-level and amino acid (AA)-level representations from ESM2, a popular PLM. Unlike other approaches such as training probes for features, the extraction of features by the SAE is performed without any supervision. We find that many sparse features extracted from SAEs trained on protein-level representations are tightly associated with Gene Ontology (GO) terms across all levels of the GO hierarchy. We also use Anthropic's Claude to automate the interpretation of sparse features for both protein-level and AA-level representations and find that many of these features correspond to specific protein families and functions such as the NAD Kinase, IUNH, and the PTH family, as well as proteins involved in methyltransferase activity and in olfactory and gustatory sensory perception. We show that sparse features are more interpretable than ESM2 neurons across all our trained SAEs and transcoders. These findings demonstrate that SAEs offer a promising unsupervised approach for disentangling biologically relevant information present in PLM representations, thus aiding interpretability. This work opens the door to safety, trust, and explainability of PLMs and their applications, and paves the way to extracting meaningful biological insights across increasingly powerful models in the life sciences.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle