Re-evaluation of the contribution of <i>TNFRSF13B</i> variants to antibody deficiency
Notice bibliographique
Résumé
Predominantly antibody deficiency (PAD) is the most prevalent form of human inborn errors of immunity (IEI). PAD is characterized by recurrent bacterial infections, immune dysregulation, and impaired immunoglobulin production. A monogenic cause of PAD can be identified in about 20% of cases. Approximately 10% of patients carry heterozygous mutations in the tumor necrosis factor receptor superfamily member 13B gene (TNFRSF13B), encoding the B cell surface protein TACI. Heterozygous variants in TNFRSF13B are not sufficient to cause PAD, as ∼1% of the healthy population carries one of these variants. To identify additional genetic contributors to the immune defect in these individuals, we examined the exomes of 161 PAD patients with rare-damaging variants in TNFRSF13B. We identified (1) biallelic mutations in TNFRSF13B, (2) the HLA class II marker (DPA1*03), and (3) multiple single nucleotide polymorphisms in known B cell-related genes as additional genetic risk factors. Moreover, pathogenic mutations in other known IEI genes were presented in 16% of patients with heterozygous TNFRSF13B variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».