Causal single-cell RNA-seq simulation, in silico perturbation, and GRN inference benchmarking using GRouNdGAN-Toolkit
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Rapid advances in high-throughput single-cell sequencing technologies, coupled with the development of computational methods capable of leveraging large datasets, have led to the emergence of numerous approaches for deciphering regulatory interactions in the form of Gene Regulatory Networks (GRNs). However, in the absence of context-specific gold-standard ground truths, particularly those containing causal interactions, systematically benchmarking GRN inference methods remains a challenge. Thus, we previously developed GRouNdGAN, a causal implicit generative model capable of simulating realistic observational and interventional scRNA-seq data following a user-defined GRN on any biological system of interest. Importantly, we demonstrated that GRouNdGAN generates datasets that bridge the gap between experimentation and simulation for GRN inference benchmarking. Method Building upon the GRouNdGAN framework, we developed an extended toolkit that offers additional features, including interactive model visualization, training monitoring, more customizable GRN creation options, synthetic data similarity and GRN inference benchmarking metrics, and an intuitive TF knockout prediction module. Here, we provide a step-by-step procedure for implementing the protocol from start to finish and introduce alternative variations to adapt GRouNdGAN to studies with different experimental setups. GRouNdGAN-Toolkit is publicly available as a python code repository and containerized application and is accompanied by a tutorial website featuring a collection of simulated datasets. Model training largely depends on graphic hardware and the size and density of the input GRN, and typically takes around 75h to complete on a single GPU. Excluding model training, this protocol typically takes less than 25min to complete. Discussion GRouNdGAN-Toolkit is a versatile simulator with user friendly interface that does not assume advanced computational genomics expertise, enhancing its usability and accessibility across a wide range of users.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».