Pioneering contribution of Professor Bruce Ames to early development in biochemical aspects of oxidatively generated damage to DNA
Notice bibliographique
Résumé
The first part of the memorial review article is devoted to a retrospective of selected topics that were the subject of pioneering studies over the period 1985-2025 by Professor Bruce Ames. Major efforts were made to develop accurate and sensitive assays including HPLC coupled with electrochemical detection for monitoring the formation of 8-oxo-7,8-dihydroguanine in isolated cells and animal tissues. Special attention was provided to the minimization of artefactual oxidation of DNA that occurs during sample preparation. Complementary information on the biological relevance of 8-oxo-7,8-dihydroguanine and 5,6-dihydroxy-5,6-dihydrothymine was gained from the non-invasive measurement of the oxidized bases and nucleosides in various mammalian fluids. The second part of this review focuses on the current situation concerning the formation of oxidized bases in cellular DNA produced under various conditions of oxidative stress and enzymatic ten-eleven TET-oxidation of 5-methylcytosine. The analysis of DNA base modifications by LC-MS/MS is the gold standard for the quantitative monitoring of base oxidation products in both DNA and several body fluids; oxidizing conditions that may not be suitable for biological studies. Low levels of oxidatively-induced lesions in cells are difficult to assess by chromatographic and MS methods because of a significant increase in the yields of oxidized bases/nucleosides above the background level including a significant contribution of adventitious oxidation reactions that cannot be totally suppressed. In a complementary way, the application of modified versions of the comet assay and alkaline elution techniques that target general classes of DNA lesions provides a more global account of damage although it gives less structural information about DNA damage formed under chronic exposure to mild oxidizing conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,008 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».