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Enregistrement W4413347132 · doi:10.1021/acs.jproteome.5c00341

Metabolite Functions Revealed by Mass Spectrometry-Based Target Engagement Proteomics Approaches

2025· review· en· W4413347132 sur OpenAlexafffund
Nisha A. Owens, Tayah B. Sommer, Brenna G. Ing, Mukhayyo Sultonova, J. Patrick Murphy

Notice bibliographique

RevueJournal of Proteome Research · 2025
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensDalhousie UniversityUniversity of Prince Edward Island
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Cancer Society
Mots-clésProteomicsMass spectrometryMetaboliteMetabolomicsChemistryMetabolite profilingComputational biologyChromatographyBiologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In addition to their roles in energetics and biosynthesis, endogenous metabolites have functional roles performed in part through protein interactions that result in allosteric regulation, transcriptional regulation, and post-translational modifications. Novel bioactive roles for metabolites continue to emerge in cancer progression, immune response, and host-pathogen interactions. Defining metabolite-protein interactions will further reveal bioactive metabolite downstream effects and help to characterize the intersection between the metabolome and the proteome. Here, we summarize recently revealed secondary functions for metabolites that have been uncovered by mass spectrometry-based approaches for small molecule target engagement. We propose that further developments and application of these approaches will greatly advance our understanding of metabolite functions and may facilitate large-scale metabolome-proteome interaction networks that harbor new targets for diseases such as cancer.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,008
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,701
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0080,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,138
Tête enseignante GPT0,395
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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