Complex Conformational Interplay for Parkin Activation is Revealed by 19F NMR Spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
Parkin is a 52 kDa RING-Between-RING E3 ligase that ubiquitinates proteins at the outer mitochondrial membrane in response to oxidative stress. Part of a neuroprotective pathway, over 100 mutations in the PRKN gene have been associated with Early Onset Parkinson’s Disease. To be fully active parkin requires interaction with phosphorylated ubiquitin and phosphorylation of its N-terminal Ubl domain, both dependent on the PINK1 kinase. Along with recruitment of an E2∼Ubiquitin conjugate these events form a ∼90 kDa complex, undergoing a series of conformational changes that regulate transthiolation of ubiquitin from the E2 enzyme to the catalytic domain in parkin (Rcat) prior to substrate labeling. Numerous crystal and NMR structures have captured snapshots of parkin activation and its catalytic mechanism, yet questions surrounding the relative abundance, timing and interplay of parkin conformations remain. Further, most studies use truncated versions of the E3 ligase that may hide details of conformational dependencies. To examine parkin through its activation cycle from inactive (autoinhibited) to E2∼Ubiquitin binding states we incorporated 5- 19 F-tryptophan into the full-length enzyme and used 19 F NMR spectroscopy to identify structural and dynamics changes. Using chemical shift perturbation and T2 analysis, we show that phosphorylation of parkin leads to a population of unbound and bound forms of the phosphorylated Ubl domain and that release of the catalytic Rcat domain is dependent upon E2∼Ub conjugate binding. This study shows the unique abilities of 19 F NMR spectroscopy to provide details of the structural rearrangements required for catalysis for the large E3 ligase parkin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».