Dynamic transcriptomic responses to soybean cyst nematode infection in soybean genotypes with contrasting resistance profiles
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Soybean cyst nematode populations are rapidly evolving to overcome the limited genetic resistance currently employed in commercial soybean varieties, threatening the future of crop production. To mitigate that, it is crucial to identify novel sources of resistance. Soybean lines PI 561310 and PI 567295 were previously found to exhibit partial SCN resistance despite lacking resistant alleles at rhg1 and Rhg4. Methods In an attempt to elucidate their resistance mechanisms, PI 561310 and PI 567295 alongside susceptible Essex and resistant Peking and PI 88788 lines were infected with SCN HG type 0. Control and infected root tissues were collected at 5 and 10 day post-infection for RNA sequencing and comparative transcriptomic response analyses were performed. Results and discussion The resistance mechanism employed by PI 561310 appears to be driven by the expression of PAL, which positively regulates downstream lignin, flavonoid and salicylic acid biosynthesis pathways. PI 567295 displayed a unique and divergent transcriptomic response characterized predominantly by gene downregulation, rather than the canonical upregulation observed during defense activation; an atypical response suggestive that PI 567295 employs a distinct mechanism not previously described in the literature. This study explores the diversity of defense strategies and provides valuable insight into novel genetic origins of SCN resistance as we navigate the landscape of evolving SCN parasitism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».