Genomic insights into host-associated variants and transmission features of a ToBRFV isolate from Mexico
Notice bibliographique
Résumé
Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) poses a global threat to tomato and pepper production due to its high transmissibility and adaptability. Understanding its genomic features and transmission mechanisms is critical for effective disease management. We characterized the genome and biological properties of a ToBRFV isolate from Mexico. Comparative genomic analyses were conducted using 100 global genomes, with particular focus on single nucleotide variants (SNVs) and their distribution across different host species. Phylogenetic analysis and experimental bioassays, including seed transmission tests, were also performed. Phylogenetic analysis revealed genetic proximity between the Mexican isolate and strains from Mexico, USA, Canada, Israel, and China, indicating shared transmission routes. Genomic comparisons confirmed general sequence stability, but SNVs were found in the 126-kDa replicase, particularly within the methyltransferase domain. These SNVs exhibited host-associated patterns, with conserved profiles in tomato and unique substitutions in Capsicum annum, Solanum nigrum, and Citrullus lanatus. Bioassays demonstrated susceptibility in additional solanaceous hosts, and seed transmission assays in Nicotiana rustica indicated reduced germination and low-frequency viral detection in seedlings. The study highlights the genomic conservation and host-specific variation in ToBRFV, suggesting that the methyltransferase domain may undergo differential evolutionary pressures. The findings provide valuable insights for improving risk assessment, seed health testing, and biosecurity measures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».