Transcription factor BACH2 shapes tissue-resident memory T cell programs to promote HIV-1 persistence
Notice bibliographique
Résumé
Tissue-resident memory T cells (Trms) are essential for mucosal immunity. We postulated that their long-lived tissue residency and restricted effector function promoted HIV-1 persistence in the gut. We coupled single-cell DOGMA-seq and TREK-seq to capture chromatin accessibility, transcriptome, surface proteins, T cell receptors (TCRs), HIV-1 DNA, and HIV-1 RNA in gut CD4 + and CD8 + T cells from ten aviremic HIV-1 + individuals and five HIV − donors. BACH2, a transcriptional repressor that establishes long-lived memory in T cells, was a key transcription factor that shaped gut Trms into long-lived memory and restrained interferon-driven effector function. BACH2-ablation shifted long-lived central memory T cells to effector memory. HIV-1-infected cells were predominantly identified among BACH2 high Trms, and HIV-1 preferentially infected and persisted in gut Trms in vitro . HIV-1-specific CD8 + T cells exhibited tissue residency and epigenetic scars of exhaustion, contributing to HIV-1 immune evasion in the gut. Overall, our findings indicate that HIV-1 persists in BACH2-shaped long-lived Trms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».