Proteomic profiling unveils compensatory physiological mechanisms of an annelid living across a natural persistent deoxygenation gradient
Notice bibliographique
Résumé
Dissolved oxygen is a major environmental driver in aquatic environments, and its decline in the global ocean over recent decades threatens marine fauna, particularly benthic invertebrates. These organisms, often sessile or sedentary, cannot escape persistent environmental hypoxia and must rely on the adjustment of physiological mechanisms, such as energy metabolism and cell functioning pathways, underpinning their ability to cope with these challenging conditions. However, the molecular bases of such mechanisms, particularly under in situ conditions, are yet poorly understood. Here, we characterised the proteomic profile of the annelid Neoleanira tetragona, a species widespread in the North Atlantic Ocean, across the permanent deoxygenation gradient of the Estuary and Gulf of St. Lawrence (EGSL). Specifically, whole specimens were collected from four regions of the EGSL deoxygenation gradient and were analysed using high-resolution LC-MS/MS with a shotgun proteomics approach. Region pairwise comparisons through linear models (LIMMA) showed no differentially abundant proteins, but generalised linear latent variables models identified 59 proteins with differential abundance linked to environmental oxygen and/or food availability. An overrepresentation of tricarboxylic acid cycle via citrate synthase activity was supported in response to low oxygen and high food availability for the annelid. Our results suggest that N. tetragona possesses a compensatory mechanism to cope with the in situ persistent deoxygenation, which involves the accumulation of key proteins that are responsible for maintaining steady energy metabolism under in situ persistent deoxygenation. Our findings contribute to shed light on physiological strategies that benthic marine invertebrates can employ to cope with ongoing and future environmental challenges.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».