Assembly and solution phase properties of Ag+–mediated adenine-thymine DNA duplexes
Notice bibliographique
Résumé
Silver cations (Ag+) exhibit site-specific coordination with the natural nucleobases, which can be exploited within DNA nanostructures. Understanding the thermodynamics of formation and organization of DNA complexes formed by these interactions is essential for rationally designing Ag+-mediated DNA nanostructures. In this study, we use temperature controlled circular dichroism (CD) spectroscopy, isothermal titration calorimetry (ITC), Förster resonance energy transfer (FRET), and cryogenic-transmission electron microscopy (cryo-TEM) to investigate the formation stoichiometry and resulting morphology of Ag+-mediated duplexes of dA and dT homobase strands. CD shows that duplex formation occurs at room temperature and is sensitive to solution phase conditions. ITC reveals that 0.5 [Ag+]/[base] is required to form thermodynamically stable dA–Ag+–dT structures with one Ag+ per base pair. FRET experiments show that dA–Ag+–dT duplexes maintain anti-parallel strand orientation, even with excess Ag+, and cryo-TEM shows that dA–Ag+–dT duplexes adopt morphologies similar to WCF duplexes. Despite these similarities, dA–Ag+–dT duplexes exhibit significantly greater thermal stability compared to their WCF counterparts. These findings provide new insights into dA–Ag+–dT duplex formation and structure that are essential for the development of programmable Ag+–DNA nanostructures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».