The interplay between glucose and aromatic compound regulation by two IclR-type transcription factors, LigR1 and LigR2, in <i>Pseudomonas putida</i> KT2440
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The rhizosphere is a hotspot of microbial activity where plants release a diverse array of aromatic compounds, including shikimate pathway intermediates and monolignols. Pseudomonas putida KT2440, renowned for its metabolic versatility in this niche, uses largely uncharacterized regulatory and enzymatic strategies to utilize these compounds. We investigated two IclR-type transcriptional regulators, LigR1 and LigR2, that control expression of the uncharacterized lig1 and lig2 operons. We demonstrate that ligR1 deletion caused growth defects on glucose and 4-hydroxybenzoate accompanied by cell elongation and aggregation. Structural and functional analyses reveal that LigR1 and LigR2 activate the lig1 operon but repress the lig2 operon. LigR1 binding of 4-hydroxybenzoate induced repression by triggering tetramerization and increasing DNA-binding activity. In contrast, LigR2 responded to quinate, protocatechuate and 4-hydroxybenzoate to potently induce lig2 operon expression by relieving repression. While both operons cooperate in metabolizing these compounds, we propose the lig1 operon mediates influx through its major facilitator superfamily (MFS) transporter (PP_2604), whereas the lig2 operon catalyzes breakdown via a protocatechuate intermediate and the meta-cleavage pathway, supplying oxaloacetate to the TCA cycle. Importantly, we show that P. putida repurposes shikimate pathway intermediates for energy production. These findings challenge the canonical biosynthetic view of the shikimate pathway and redefine the metabolic flexibility of soil pseudomonads. We reveal a novel mechanism enabling P. putida to thrive in the chemically complex rhizosphere and open new avenues for exploring alternate roles of the shikimate pathway, emphasizing transcriptional regulators as tools to deconvolute complex metabolic landscapes. Highlights LigR1 and LigR2 transcriptionally regulate the lig1 and lig2 operons Lig1 operon is required for import of glucose and shikimate-derived compounds Lig2 operon metabolizes shikimate pathway compounds Dysregulated LigR1/LigR2 expression impacts bacterial physiology Graphical Abstract
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».