Anaerobic gut fungal community in ostriches ( <i>Struthio camelus</i> )
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Anaerobic gut fungi (AGF; Neocallimastigomycota) are crucial for the degradation of plant biomass in herbivores. While extensively studied in mammals, information regarding their occurrence, diversity, and community structure in nonmammalian hosts remains sparse. Here, we report on the AGF community in fecal samples of 13 domesticated ostriches. The ostrich (Struthio camelus) is an herbivorous, flightless, hindgut-fermenting member of the class Aves (birds). Illumina-based metabarcoding targeting the D2 region of the large ribosomal subunit (28S rRNA) revealed a uniform AGF community with low alpha diversity in the fecal samples. The community was mostly comprised of sequences potentially representing two novel species in the genus Piromyces, and a novel genus in the Neocallimastigomycota. Sequences affiliated with these novel taxa were absent or extremely rare in datasets derived from mammalian and tortoise samples, indicating a strong pattern of AGF-host association. One Piromyces strain (strain Ost1) was successfully isolated. Transcriptomics-enabled molecular dating analysis suggested a divergence time of ≈ 30Mya, a time frame in line with current estimates for ostrich evolution. Comparative gene content analysis between strain Ost1 and other Piromyces species from mammalian sources revealed a high degree of similarity. Our findings expand the range of AGF animal hosts to include members of the birds (class Aves), highlight a unique AGF community in the ostrich alimentary tract, and document the occurrence of a strong pattern of fungal–host association in ostriches, similar to previously observed patterns in AGF canonical mammalian hosts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».