UPR deficiency leads to poor growth, aneuploidy, and a trade-off between ER and general proteostasis in yeast
Notice bibliographique
Résumé
The unfolded protein response (UPR) was discovered in budding yeast as a mechanism that allows cells to adapt to endoplasmic reticulum (ER) stressors. Although the UPR is not thought to be necessary for cellular fitness of wild-type cells in the absence of stress, we found that UPR deficiency led to poor growth in cycling mitotic yeast cells. This led to pervasive adaptive aneuploidy of specific chromosomes that was seen in divergent strain backgrounds, indicating an important basal role for this pathway that was missed by studies of the most common laboratory-derived strains. Aneuploid UPR-deficient cells grew better than euploid UPR-deficient cells but exhibited heightened general proteostatic stress, a hallmark of aneuploidy in wild-type cells. Modulation of key genes involved in ER proteostasis that were encoded on aneuploid chromosomes could phenocopy the effects of aneuploidy, indicating that the reason UPR-deficient cells become aneuploid is to counteract protein folding stress in the ER. Proteomic analyses indicate that expression of a small subset of stress-induced UPR targets is supported by basal UPR activity, including the chaperone Kar2/BiP. Together, our results reveal an unexpected role for the UPR in baseline ER folding that is important enough to safeguard cellular fitness that cells tolerate the substantial proteostatic costs that result from aneuploidy to counteract its loss.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».