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Enregistrement W4413437853 · doi:10.1101/2025.08.19.671157

Petroleum Hydrocarbon Concentration as the Primary Driver of Soil Bacterial Community Dynamics During Mycorrhizal Fungi and Rhizobacteria Assisted Phytoremediation

2025· preprint· en· W4413437853 sur OpenAlexafffundabout
Prama Roy, Barbara A. Zeeb

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueMycorrhizal Fungi and Plant Interactions
Établissements canadiensRoyal Military College of CanadaQueen's University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaQueen's UniversityKela
Mots-clésRhizobacteriaPhytoremediationEnvironmental sciencePetroleumHydrocarbonRhizosphereSoil waterBiologyChemistryBacteriaSoil science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Petroleum hydrocarbon (PHC) contamination poses widespread environmental risks in Canada, where it is known to contribute to 60% of existing contaminated sites. It requires effective remediation strategies in the boreal ecozone due to the cold climate resulting in slow site weathering processes and soil nutrient cycling. This study utilized PHC-contaminated field soil (25,700 mg/kg total petroleum hydrocarbons - TPH) and background soil (<120 mg/kg TPH) collected from a Canadian boreal site where PHCs had weathered in place for 25+ years. Additionally, a 1:1 diluted soil was prepared (12,600 mg/kg TPH), and with the field contaminated soil, used to investigate the effects on rhizobacterial community composition. In two-year greenhouse experiments (2023 - 2025), the soils were planted with native or na turalized plant species and inoculated with i) arbuscular mycorrhizal fungi (AMF), ii) the biosurfactant-producing and plant-growth-promoting rhizobacterium (PGPR) - Bacillus subtilis ATCC 21332, or iii) both AMF and B. subtilis 21332. PHC contamination was determined to exert a dominant influence on rhizobacterial community composition. Alpha- and beta-diversity analyses revealed that neither plant species nor microbial inoculants significantly altered bacterial diversity or community structure beyond the overriding effect of PHC concentration. Proteobacteria, Actinobacteriota, Acidobacteriota, and Chloroflexi dominated across all soils, with hydrocarbon-degrading genera such as KCM-B 112 and Sphingomonas significantly enriched in the 25,700 mg/kg TPH soil. Functional gene profiling identified widespread aerobic (e.g., alkB , CYP153 , assA , nahAc , pheA , xylM , xylE, todC1 , bphA1, and pahE ) hydrocarbon-degradation pathways across phyla, suggesting extensive horizontal gene transfer and functional redundancy across treatments and plant species. Exogenously introduced B. subtilis ATCC 21132 established only in the background soil, suggesting competitive dominance of indigenous PHC-degraders. These findings underscore the magnitude of PHC concentration as the primary driver of rhizobacterial dynamics and indicate that augmenting native microbial capacity through soil carbon enhancement, rather than bioaugmentation, may significantly impact soil bacterial community composition during rhizodegradation of boreal soils.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,023
Score d'incertitude au seuil0,046

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,186
Écart entre enseignants0,179 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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