Development of a Simplified <scp>PCR</scp> ‐Nucleic Acid Lateral Flow Immunoassay ( <scp>PCR</scp> ‐ <scp>NALFIA</scp> ) for <i>Cryptostroma corticale</i> , the Causal Agent of Sooty Bark Disease
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Sooty bark disease (SBD), caused by the fungus Cryptostroma corticale , is causing a widespread outbreak on sycamore maple in Europe and is presently emerging as a threat to urban and native maple trees in the Pacific Northwest. Rising temperatures and prolonged drought conditions probably exacerbate SBD disease severity. Current detection methods for C . corticale rely on laboratory‐based PCR and morphological identification, which require specialised equipment and are not suited for rapid field deployment. We developed a portable, species‐specific PCR‐nucleic acid lateral flow immunoassay (PCR‐NALFIA) for point‐of‐care detection of C . corticale . The assay can be performed in 90 min by incorporating a 5‐min crude DNA extraction using cellulose dipsticks, a species‐specific ITS1‐targeted PCR with internal probe labelling on a portable PCR machine, and a lateral flow dipstick for visual detection. The method yielded accurate detection from infected wood, bark and conidia, with detection thresholds as low as 10 conidia or 0.1 mg of stroma in 0.5 mL buffer. The PCR‐NALFIA achieved 100% specificity when tested on 87 fungal samples, outperforming other available PCR assays. Furthermore, lyophilised reaction mixes were stable for 60 days at room temperature, making the assay viable for field applications. This tool offers a rapid and reliable diagnostic solution for managing SBD in forestry and urban environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».