Temporal profiling of rumen and hindgut microbiota revealed enterotypes affecting the microbial interactions and assembly in the gut of dairy cows
Notice bibliographique
Résumé
It has been reported that rumen microbiota affects the cattle's milk-yield productivity, but the gut microbiota's contribution to the individualized performance and its associated mechanism have not been well defined. In this study, microbiota of 222 rumen and hindgut respective samples collected from 74 cows throughout the prepartum, postpartum, and peak-lactation periods were assessed using 16S rRNA gene amplicon analysis and were evaluated whether they affected inter-individual microbial interactions, assembly, functions, and contributed to host milk production and serum parameters. Prevotella-dominated (R-Prevot, n = 27) and Butyrivibrio-dominated (R-Butyri, n = 47) enterotypes were identified for rumen microbiota, and Prevotellaceae_UCG-003-dominated (H-Prevot, n = 33) and Paeniclostridium-dominated (H-Paenic, n = 41) enterotypes were identified for fecal microbiota. Positive cohesion (cooperative behaviour) was higher, while negative cohesion (competitive behavior) was lower in R-Prevot compared to R-Butyri enterotype throughout the three lactation periods. For H-Prevot enterotype, positive cohesion was higher at prepartum and peak-lactation, but lower at postpartum; and negative cohesion was lower at prepartum and postpartum with no difference detected at peak-lactation. Both deterministic and stochastic processes contributed to the rumen and hindgut microbiota assembly process with the proportion of dispersal limitation process being higher in R-Butyri than in R-Prevot, as well as in H-Prevot than in H-Paenic enterotype at peak-lactation. Additionally, the cows with R-Prevot/H-Prevot enterotypes (n = 15) had higher milk yield and lower serum non-esterified fatty acid concentration than the cows with R-Butyri/H-Paenic enterotypes (n = 29) during lactation. These findings provide evidence that enterotype could affect microbial interactions and assembly processes, as well as the cows' productivity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».