APOBEC3A drives deaminase mutagenesis in human gastric epithelium
Notice bibliographique
Résumé
Cancer genomes frequently carry apolipoprotein B mRNA editing catalytic polypeptide-like (APOBEC)-associated DNA mutations, suggesting APOBEC enzymes as innate mutagens during cancer initiation and evolution. However, the pure mutagenic impacts of the specific enzymes among this family remain unclear in human normal cell lineages. Here, we investigate the comparative mutagenic activities of APOBEC3A and APOBEC3B, through whole-genome sequencing of human normal gastric organoid lines carrying doxycycline-inducible APOBEC expression cassettes. Our findings demonstrate that transcriptional upregulation of APOBEC3A leads to the acquisition of a massive number of genomic mutations in just a few cell cycles. In contrast, despite clear deaminase activity and DNA damage, APOBEC3B upregulation does not generate a significant increase in mutations in the gastric epithelium. APOBEC3B-associated mutagenesis remains minimal even in the context of TP53 inactivation. Further analysis of the mutational landscape following APOBEC3A upregulation reveals a detailed spectrum of APOBEC3A-associated mutations, including indels, primarily 1 bp deletions, clustered mutations, and evidence of selective pressures acting on cells carrying the mutations. Our observations provide a clear foundation for understanding the mutational impact of APOBEC enzymes in human cells.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».