Comparison of antimicrobial resistance and serotype patterns in <i>Streptococcus pneumoniae</i> from blood cultures and respiratory specimens in Canadian hospitals from the CANWARD study (2007–23)
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To compare the antimicrobial resistance and serotype patterns in Streptococcus pneumoniae collected from blood cultures and respiratory specimens in Canada from 2007 to 2023. METHODS: S. pneumoniae isolates were submitted from Canadian hospitals as part of the ongoing national surveillance study, CANWARD. Antimicrobial susceptibility testing was performed by the CLSI broth microdilution method. Serotypes were determined using WGS and/or the Quellung method. RESULTS: Of the 3111 S. pneumoniae isolates collected, 1103 (35.5%) were from blood cultures and 2008 (64.5%) were from respiratory specimens. The most common serotypes overall were 3, 19A, 22F and 11A. Serotypes 4, 5, 7F, 8, 12F, 14, 19A and 22F were more frequently identified (P ≤ 0.01) among blood culture isolates, while 6C, 7C, 11A, 19F, 21, 23A, 23B, 23F, 31, 34, 35B, 35F and non-typeable strains were more commonly recognized (P ≤ 0.03) among respiratory isolates. Susceptibility rates were significantly lower in respiratory isolates than blood culture isolates for penicillin, ceftriaxone, clarithromycin, clindamycin and doxycycline (P ≤ 0.03). Overall, 8.3% of isolates were MDR/XDR; rates increased over the course of the study (P = 0.004). MDR/XDR rates were higher in respiratory isolates (10.5%) than in blood culture isolates (5.8%) (P < 0.0001). Serotypes 19A (40.6%) and 15A (27.6%) were predominant in the MDR/XDR isolates. CONCLUSIONS: S. pneumoniae from respiratory specimens demonstrated lower antimicrobial susceptibilities and higher MDR rates compared with isolates from blood cultures. Significant differences in the serotypes isolated from blood culture and respiratory specimens were observed. A greater proportion of isolates from blood cultures were serotypes covered by current pneumococcal vaccines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».