Application of a quantitative PCR TaqMan™ assay for the detection of Ergasilus labracis in mixed plankton samples from a Newfoundland bay
Notice bibliographique
Résumé
Ergasilids are an important group of parasitic copepods that occur globally in some coastal, estuarine, and freshwater habitats, including the south coast of the island of Newfoundland, Canada. Generally, males and developing females are not parasitic and remain in plankton. Adult females, however, become parasitic and seek a host following mating. Few studies have focused on detection and/or quantification of planktonic stages, and of those, all have utilized microscopic techniques. This method is time consuming and dependent on a specific parasitological skill set. In recent years, quantitative PCR (qPCR) techniques have become common in the detection and relative quantification of various invertebrate larval stages within plankton, including many metazoan parasites. In the present study, a qPCR assay using TaqMan™ minor groove binder probe technology, based on the Ergasilus labracis mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I sequence, was developed for the first time to detect this parasite in mixed plankton samples taken near active salmonid aquaculture sites in a Northwest Atlantic coastal estuary. Ultimately, the technique can be used for tracking seasonal variability and abundance of planktonic stages of this parasite and thus illustrate patterns of seasonal infestation for both wild and cultured species in this region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».