GC-MS profiling, in vitro and in silico antibacterial and antioxidant potential of crude secondary metabolites of an endophytic bacterium isolated from Enhydra fluctuans lour
Notice bibliographique
Résumé
This study investigates the bioactive potential of secondary metabolites produced by endophytic bacteria isolated from Enhydra fluctuans Lour., a medicinal plant known for its antioxidant and antimicrobial properties. Fresh leaves were collected, surface-sterilized, and used to isolate bacterial endophytes. The isolates were identified morphologically and confirmed by 16S rRNA gene sequencing. Metabolites were extracted using ethyl acetate and assessed for antibacterial activity via the disc diffusion method and antioxidant capacity by DPPH radical scavenging assay. GC-MS was used to identify volatile bioactive substances. The isolate showed 91.75% similarity with Pseudomonas campi (NR_181172.1), indicating a distant relationship and suggesting it may represent a novel or uncharacterized taxon. The isolate was mostly sensitive to Ciprofloxacin (5 µg). Its ethyl acetate crude extract showed moderate antibacterial activity against Staphylococcus aureus with a 13.4 ± 0.21 mm inhibition zone at 500 µg/disc, compared to kanamycin (30 µg/disc). Antioxidant activity showed an IC 50 of 61.66 ± 0.33 µg/mL, versus 17.38 ± 0.63 µg/mL for ascorbic acid. GC-MS identified 19 bioactive compounds, with Phenol, 3,5-bis(1,1-dimethylethyl)-, 1,9-Diazaspiro (4,4 )nonane-2,8-dione, and Octacosanol as major constituents. In silico analyses showed that 9,10-anthracenedione, 2-[(tert-butylamino)methylcarbamoyl] exhibited strong antibacterial and antioxidant potential, with high binding affinities to MurD ligase (-9.8 kcal/mol) and myeloperoxidase (-9.6 kcal/mol), respectively. Molecular dynamics (MD) simulations over 100 ns confirmed the stability of these complexes, supported by analyses of RMSD, RMSF, hydrogen bonds, and MMGBSA free energy. Most molecules were predicted to be non-toxic. These findings suggest that 9,10-Anthracenedione exhibits promising binding characteristics, driven by non-covalent interactions, making it a potential candidate for further drug development studies. Our results provide preliminary evidence that endophytic bacteria harbor chemically diverse secondary metabolites, reinforcing their role in natural product-based drug discovery pipelines. While initial findings are promising, Pure compound isolation comprehensive in vivo studies, compound purification, and pharmacokinetic profiling are essential.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».