SET7/9 exhibits sigmoidal kinetics on nucleosomes, hyperbolic kinetics on histones by an ordered sequential mechanism, and methylates lysine and arginine
Notice bibliographique
Résumé
SET7/9 (SETD7) is a SET domain protein lysine methyltransferase (PKMT). We characterized its activity using a mass spectrometry (MS) assay, showing that it follows an ordered sequential enzyme kinetic mechanism where SAM is the first substrate to bind, followed by histone H3, and mono-methylated histone H3 is the first product to dissociate, followed by SAH. Full-length histones H2A, H2B, and H4 are also substrates for SET7/9. We found that SET7/9 methylates nucleosome core particles (NCP), histone H2BK120 ubiquitinated nucleosome core particles (Ub-NCP) as well as histone octamers, exhibiting sigmoidal kinetics, and suggesting an allosteric interaction that was not observed with free histones, which follow hyperbolic (Michaelis-Menten) kinetics. Using low (25 nM) SET7/9, we only detect monomethyl-lysine with all substrates except Ub-NCP, which produces mono- and di-methyllysine at equal rates. Proteomic analysis shows that SET7/9 catalyzes multiple sites and types of, methylation on histones, depending on if they are free histones, or within an octamer. Free histone H3 is methylated at multiple N-terminal sites (including H3K4) that are not methylated in the octamer. Some C-terminal methylation sites were discovered that can also be ubiquitinated including H2BK120. Since lysine methylation and ubiquitination are mutually exclusive such methylation by SET7/9 may serve to prevent ubiquitination. At high enzyme and substrate concentrations and extended incubation times, we show that SET7/9 can catalyze the formation of dimethyl- and trimethyllysine on H2B, H3 and histone octamers and, most remarkably, the formation of monomethyl- and dimethylarginine on histone H3 and within octamers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».