Characterization of the thermophilic xylanase <scp>Fsa02490Xyn</scp> from the hyperthermophile <i>Fervidibacter sacchari</i> belonging to glycoside hydrolase family 10
Notice bibliographique
Résumé
Fervidibacter sacchari is an aerobic hyperthermophile belonging to the phylum Armatimonadota that degrades a variety of polysaccharides. Its genome encodes 117 enzymes with one or more annotated glycoside hydrolase (GH) domain, but the roles of these putative GHs in polysaccharide catabolism are poorly defined. Here, we describe one F. sacchari enzyme encoding a GH10 domain, Fsa02490Xyn, that was previously shown to be active on Miscanthus , oat β‐glucan, and beech‐wood xylan, with optimal activity at 90–100 °C. We show that Fsa02490Xyn is also active on birch‐wood xylan and gellan gum. The pH range on beech‐wood xylan was 4.5 to 9.5 (pH opt 7.0–8.0). Fsa024940Xyn had a K m of 2.375 m m , V max of 1250 μ m ·min −1 , and k cat / K m of 1.259 × 10 4 s −1 · m −1 when using a para ‐nitrophenyl‐𝛽‐xylobioside assay. A phylogenetic analysis of GH10 family enzymes revealed a large clade of enzymes from diverse members of the class Fervidibacteria , including Fsa02490Xyn and a second enzyme from F. sacchari , with apparent horizontal gene transfer within Fervidibacteria and between Fervidibacteria and thermophilic Bacillota . This study establishes Fsa02490Xyn as a hyperthermophilic GH10 enzyme with endo‐β‐1,4‐xylanase activity and identifies a large clade of homologous GH10 enzymes within the class Fervidibacteria . Impact statement The depolymerization of xylan at high temperatures is important because this process limits the degradation of polysaccharides in nature and the synthesis of biofuels from plant wastes. Our study is also important because F. sacchari is one of only a few cultivated members of the Armatimonadota , which are polysaccharide‐degradation specialists.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».