The impact of pneumococcal vaccination and nasopharyngeal colonization on the performance of a serotype-specific urine antigen detection (SSUAD) assay
Notice bibliographique
Résumé
To better inform pneumococcal immunization policies, ongoing surveillance for pneumococcal community-acquired pneumonia (CAP) is crucial. To estimate the serotype-specific CAP burden of pneumococcal disease following the introduction of a new 15-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV), V114, a 15-plex serotype-specific urine antigen detection (SSUAD) assay was developed as a tool for surveillance of Streptococcuspneumoniae serotypes. V114-017 (NCT03547167; EudraCT 2017-004915-38) was a phase 3 randomized controlled trial in which participants (18-49 years) received V114 or 13-valent PCV (PCV13; as an active comparator), followed 6 months later by 23-valent pneumococcal polysaccharide vaccine (PPSV23). Here, we report findings from a prespecified sub-study nested within the phase 3 trial that descriptively assessed the impact of nasopharyngeal/oropharyngeal (NP/OP) carriage and pneumococcal vaccination on serotype detection with the SSUAD assay. In total, 301 individuals (all American Indian/Alaska Native) participated in the sub-study. NP/OP and urine samples were collected at 10 timepoints between baseline (prior to vaccination) and Month 7 (30 days following vaccination with PPSV23). NP/OP carriage was determined using qualitative polymerase chain reaction for pneumococcus detection and serotyping, and urine samples were tested in parallel with SSUAD. At any timepoint, NP/OP carriage was <2.0 % for 10 of the V114 serotypes; carriage was ∼2.6 % for serotype 1 and ranged between 4.0 % and 7.0 % for serotypes 4, 5, 9V, and 33F. At baseline, serotype-specific pneumococcal polysaccharide antigens were detected by SSUAD in only six study participants for serotypes 19A, 19F, and 1. SSUAD positivity for serotypes 4, 5, and 9V increased transiently following vaccination with V114/PCV13 and PPSV23, while SSUAD positivity lasted the longest for serotype 19A following PPSV23 vaccination. In general, SSUAD positivity appeared unrelated to NP/OP carriage. Our findings suggest SSUAD can support pneumococcal disease surveillance and vaccine effectiveness research, excluding individuals with recent pneumococcal vaccination to avoid false-positives.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».