Genome‐Wide Identification and Evolution of Core Cell Cycle Genes in <scp> <i>Marchantia polymorpha</i> </scp> : Insights Into Redundancy, Stress, and Functional Evolution
Notice bibliographique
Résumé
The cell cycle is a fundamental process of plant growth, development, and reproduction, in which cyclin-dependent kinases (CDKs) and cyclins (CYCs) play central roles in regulating the progression through various stages. These proteins are coordinated with multiple interacting partners to ensure the accurate execution of essential biological events such as DNA replication, chromosome segregation, and cell division. Marchantia polymorpha, one of the earliest diverging land plant species, has emerged as a key model for exploring fundamental mechanisms in plant biology and evolution. However, compared with other model plants, such as Arabidopsis thaliana and Oryza sativa, the core cell cycle genes in M. polymorpha remain relatively uncharacterized. In this study, we identified 31 core cell cycle genes in M. polymorpha through genome-wide analysis, including 13 CDKs, 8 CYCs, 5 E2F/DPs, 1 ICK, 1 RB, 1 CKS, and 2 Wee1 genes. We further analyzed their physicochemical properties, gene structures, and conserved domains, along with evolutionary pressures assessed via Ka/Ks and 4DTv analyses. Comparative genomic analysis revealed patterns of gene contraction and expansion. Additionally, we predicted cis-acting regulatory elements and performed differential expression analysis under various stress conditions to explore their potential functions and expression profiles. Finally, a protein-protein interaction (PPI) network was constructed, and key genes were experimentally validated. These findings provide valuable insights into the core cell cycle gene family in M. polymorpha, contributing to an enhanced understanding of cell cycle regulation and its evolutionary significance in plants.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».