From fragmentation to resolution: high-fidelity genome assembly of <i>zancudomyces culisetae</i> through comparative insights from PacBio, Nanopore, and Illumina sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Zancudomyces culisetae is an obligate symbiotic fungus inhabiting the digestive tracts of aquatic insect larvae, including black flies, midges, and mosquitoes. With a global distribution and high prevalence in disease-transmitting insects, Z. culisetae serves as a model for studying insect gut fungi. A previous draft genome assembly using Illumina short reads provided insights into its genome composition, such as a low GC ratio and evidence of horizontal gene transfer. However, its fragmented nature has limited deeper exploration of the evolutionary mechanisms shaping these gut symbionts. To address this gap, we generated a wealth of genomic resources for Z. culisetae using multiple sequencing platforms, including Illumina, Oxford Nanopore, PacBio-CLR (Complete Long Reads), and PacBio-HiFi (High Fidelity). This also provides an opportunity to compare these popular sequencing methods to suggest the optimal approach for fungal genome assembly. Our results suggest that PacBio-HiFi produced the most complete assembly, yielding a 27.8 Mb genome size with 26 contigs, representing the highest-quality genome of insect gut fungi to date. Additionally, we generated transcriptomic data to support genome annotation, identifying 8,484 protein-coding genes. Despite the improved genome quality, Z. culisetae lacks ∼20% of Benchmarking Universal Single-Copy Orthologue commonly found in fungi, reflecting adaptations to its obligate symbiotic lifestyle. This study not only provides valuable genomic resources for insect gut fungal research but also evaluates the strengths and limitations of current genome sequencing and assembly approaches, offering best practices for fungal genome analysis and genetic research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».