Identification of candidate gene networks affecting the number of somatic cells count and milk production in Iranian Holstein cows using Genome-wide association study
Notice bibliographique
Résumé
One of the most powerful tools for identifying genomic regions associated with various phenotypes is GWAS. Identifying genes influencing milk production traits in Iranian Holstein dairy cows is crucial to understanding the genetic mechanisms underlying these traits and improving future milk production. Therefore, using a single-step GWAS, this study aimed to identify genomic regions, genes, and pathways associated with milk yield (MY), milk fat percentage (FP), milk protein percentage (PP), and somatic cell count (SCC) traits in the Iranian Holstein cattle population. In this study, 210 animals were genotyped using 30K (150 animals from Herd 1) and 50K (60 animals from Herd 2) SNP arrays. Genotypes were then imputed to whole-genome sequence level using the 1000 Bull Genomes Project reference panel, resulting in 6,583,595 high-confidence imputed SNPs forGWAS analysis. Genomic regions associated with milk production traits included 184 significant SNP markers (milk yield, milk fat, milk protein, and somatic cell count, with 86, 18, 22, and 58 significant SNP markers, respectively) based on a significance threshold of P value < 1 × 10⁻⁸ across 10 chromosomes (2, 5, 7, 17, 19, 21, 24, 26, and 28). For the traits FP, PP, MY, and SCS, 5, 6, 9, and 7 candidate genes were identified near the significant SNPs, respectively. Key genes with important biological roles included ATE1, FGFR2, ALDH1A3, CHSY1, GABRG3, FBXO36, PID1, TRIP12, CD52, WDTC1, MATN1, CIDEA, LYZ, CPM, FBXO42, MAML3, SGMS2, HADH, CYP2U1, SCLT1 and THRSP. Therefore, the ATE1, FGFR2, and LYZ genes is not only a key marker for udder health and milk quality but also a promising candidate for genomic selection and therapeutic applications aimed at improving disease resistance in dairy herds. Our research led to the discovery of novel SNPs linked to milk production traits, which could be valuable for future livestock breeding programs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».