Ecological Function and Diversity of the Endosphere Microbiome in Leaves and Fruits of <i>Coffea arabica</i> L. Across Elevation and Shade Gradients
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Coffee is a globally important commodity that supports millions of livelihoods, from smallholder farmers to international traders. However, the sustainability of the coffee value chain is increasingly threatened by environmental changes. In this context, the phytomicrobiome, shaped by both environmental factors and plant genotypes, plays a vital role in plant health, productivity, and the quality of coffee beans. In this study, we explored the diversity and ecological functions of the endosphere microbiome in the leaves and fruits of Coffea arabica L. cultivated under an agroforestry system on Mount Gorongosa, within Gorongosa National Park, Mozambique. Using next‐generation sequencing, we characterized microbial communities along gradients of elevation and shade to assess how environmental variables shape microbiome composition and function. Our findings revealed a rich diversity of microbial communities, with elevation emerging as the primary driver of community structure. Taxonomic analyses showed that both elevation and shade significantly influenced the composition of bacterial and fungal communities. Microbial families such as Debaryomycetaceae, Enterobacteriaceae, Eremotheciaceae, Nocardiaceae, and Pseudonocardiaceae exhibited distinct adaptations to environmental conditions. Notably, we detected the presence of pathogenic genera (e.g., Colletotrichum , Erwinia , Fusarium , and Phaeosphaeria ) without visible disease symptoms, indicating possible plant tolerance to biotic stressors. Predicted functional pathways, including heme biosynthesis and phospholipid metabolism, alongside ecological guilds such as saprotrophs and fungal parasites, suggested microbial adaptations essential to maintaining plant health and coffee quality. Key microbial biomarkers, including Debaryomyces , Eremothecium , and Rhodococcus , emerged as indicators of functional adaptations across environmental gradients, highlighting their potential for informing optimized, environmentally responsive coffee management strategies. Altogether, the results highlight the integral role of coffee‐associated endophytes, in concert with plant genotypes, in shaping innovative, biodiversity‐driven strategies for sustainable coffee production.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».