Genome resequencing and genome‐wide polymorphisms in Chinese population of <i>Phyllotreta striolata</i> (Coleoptera, Chrysomelidae)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The striped flea beetle, Phyllotreta striolata , is a globally notorious pest of cruciferous vegetables. In this study, we sequenced the genome of a Chinese population of P . striolata and aligned it with the reference genome from a Canadian population. Through Illumina sequencing and reference‐based genome polishing, we obtained a high‐quality genome of 131.31 Mb with an N50 size of 8.68 Mb. Genome comparison revealed that the Chinese and Canadian populations of P . striolata presented 175 and 122 population‐specific genes, respectively. Through a genome‐wide screening, six genes were identified as potential RNA interference targets influencing the development or survival of P . striolata . Additionally, we identified 1.16 million high‐confidence variants in the Chinese P . striolata population, including 0.69 million single‐nucleotide polymorphisms and 0.43 million insertions/deletions. Variant effect analysis and functional annotation revealed 7571 variants with high‐impact effects, and the related genes were involved in various basic biological processes in P . striolata . Overall, our findings provide valuable resources for advancing genomic research on P . striolata as well as for those pursuing targeted biopesticides for effective control strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».