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Enregistrement W4413969339

FAIR sharing of Chromatin Tracing datasets using the newly developed 4DN FISH Omics Format.

2025· preprint· en· W4413969339 sur OpenAlexaff
Rahi Navelkar, Andrea Cosolo, Bogdan Bintu, Yubao Cheng, Vincent Gardeux, Silvia Gutnik, Taihei Fujimori, Antonina Hafner, Atishay Jay, Bojing Blair Jia, Adam Jussila, Gerard Llimos, Antonios Lioutas, Nuno M. C. Martins, William Moore, Yodai Takei, Frances Wong, Kai-Fu Yang, Huaiying Zhang, Quan Zhu, Magda Bienko, Lacramioara Bintu, Long Cai, Bart De Strooper, Marcelo Nöllmann, Susan E. Mango, Bing Ren, Peter J. Park, Ahilya N. Sawh, Andrew J. Schroeder, Jason R. Swedlow, Golnaz Vahedi, Chao-ting Wu, Sarah Aufmkolk, Alistair N. Boettiger, Irene Farabella, Caterina Strambio‐De‐Castillia, Siyuan Wang

Notice bibliographique

RevuePubMed · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésFish <Actinopterygii>TracingComputational biologyComputer scienceChromatinBiologyFisheryGeneticsDNAProgramming language
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

and are ideally suited for promoting reuse, exchange, further processing, and integrative modeling. Furthermore, the manuscript will present examples of analysis pipelines that could be applied more widely due to the existence of the FOF-CT exchange data format and provide examples of biological conclusions that could be drawn thanks to the availability of such datasets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,022
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,049
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesScience ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,995
Score d'incertitude au seuil0,251

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0220,049
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0080,009
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0070,009
Science ouverte0,0050,015
Intégrité de la recherche0,0030,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0750,045

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,047
Tête enseignante GPT0,259
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
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Résumé présentoui

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