Genomic and transcriptomic analysis of the Whirling disease-resistant Gunnison River Rainbow Trout
Notice bibliographique
Résumé
Whirling disease is a debilitating disease of Rainbow Trout caused by Myxobolus cerebralis. The parasite invasion leads to skeletal deformities, neurological impairment, and high mortality. Since its introduction to North America, M. cerebralis has severely impacted wild trout populations in several regions. In this study, we focus on a promising Whirling disease-resistant Rainbow Trout strain developed in the Gunnison River, Colorado. We analyzed the genomes and transcriptomes of this resistant strain at different time points after challenge with M. cerebralis. Signature selection analysis revealed several regions across the genome under selection, with the highest density found on chromosome 23. Several genes found in areas under selection are associated with neuron differentiation and nervous system development. Also, several immuno-genes were under selection, including several with relevance to the innate and adaptive immune response. The transcriptomic analysis revealed that the Gunnison River Rainbow Trout develops a comprehensive immune response after exposure to M. cerebralis. This is supported by the significant enrichment of specific immune response pathways, including differentiation and activation of B-cells and T-cells. These results suggest that certain immune pathways are likely to participate in building the Gunnison River Rainbow Trout's early, mid, and long-term immune response against M. cerebralis, while other pathways related to nervous system development may help juvenile fish survive the effects of Whirling disease. The transcriptomic analysis also reveals that more than half of the top 20 upregulated immune genes are components of the complement pathway. Notably, CD209 (DC-SIGN), a critical gene involved in antigen recognition and dendritic cell function, is among the most highly upregulated genes. The results also indicate the presence of a specific region on chromosome 9 in this strain, previously linked to resistance to this disease. This may explain this strain's strong disease resistance and survival capacity in natural environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».