Effect of maternal HIV status on the early neonatal microbiome
Notice bibliographique
Résumé
Microbiome disruption is a proposed mechanism for the observed differences in child health outcomes by maternal HIV status, but the early neonatal microbiome of HIV-exposed (HE) newborns is not well-studied. We used 16S ribosomal ribonucleic acid sequencing to analyze the microbiome composition of nasal, skin, and rectal samples collected ≤72 h after birth from 57 hospitalized neonates in Botswana, 33% of whom were HE. Beta diversity differed by anatomic compartment (P = .001) and days since birth; however, interindividual differences were greater than those by anatomic site (P = .001). There were not significant differences by maternal HIV status. When timing of maternal HIV diagnosis was accounted for, however, we noted statistically significant differences in beta diversity for nasal and skin swabs. Microbial composition of samples from neonates with mothers diagnosed with HIV prior to pregnancy were more similar to samples from HIV-unexposed than HE neonates with mothers diagnosed with HIV during this pregnancy (P = .03 and P < .01 in skin and nasal, respectively) suggesting that microbiome variations mediated by HIV exposure might only emerge later in infancy. In the entire cohort, we examined differences in relative taxa abundance of neonatal pathogens and other species of clinical interest. We noted differences by anatomic compartment, for example, increased Klebsiella pneumoniae in rectal samples and increased Acinetobacter baumannii in nasal samples, whereas other pathogens expected to differ by body site did not, for example, Enterococcus faecium and Streptococcus agalactiae, highlighting that in the early neonatal microbiome exposures may have a significant impact on microbiome development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».