Circulating Tumor DNA as a Prognostic Biomarker for Selecting Participants to Early Phase Clinical Trials
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Patients with advanced solid tumors may be considered for early phase clinical trials investigating the safety, tolerability, and dosing of experimental therapies. Optimizing participant selection is critical to maximize clinical benefit and meet trial endpoints with fewer participants. One in six participants does not meet routine life expectancy requirements (>3 months), highlighting the need for improved prognostication. Variant allele frequency (VAF) in circulating tumor DNA (ctDNA) correlates with overall survival (OS) in advanced solid tumors. We aimed to derive an optimal VAF threshold as a prognostic biomarker to enhance participant selection. Methods ctDNA testing was performed as part of the TARGET (NIHR Clinical Research Network CPMS ID 39172) and TARGET National (NCT04723316) prospective cohort studies, in patients with advanced solid tumors referred for early phase clinical trials. Maximum (maxVAF) and mean VAF (meanVAF) were compared in their association with OS and ability to delineate favorable and poor outcomes at set threshold points using hazard ratios (HRs). Optimal thresholds of VAF were explored using receiver operating characteristic curve analysis to predict 3-month landmark OS. Univariable and multivariable analysis was performed to determine whether VAF was an independent prognostic marker. Results Of 631 patients, 587 had evaluable ctDNA results. MeanVAF and maxVAF exhibited similar correlation with OS (r s = −0.32 vs −0.35, respectively) and similar prognostic utility at matched threshold points. A maxVAF value of 4% was selected as optimal for prognostic subgrouping (area under curve 0.77). OS was 5.9 versus 12.1 months ( p < 0.0001) for patients with more than 4% and 4% or less maxVAF, respectively. Multivariable analysis confirmed more than 4% maxVAF as independently associated with reduced 3-month landmark OS (HR 2.17 [1.76–2.70], p < 0.001). Conclusion VAF is an independent prognostic marker in patients with advanced solid tumors, with 4% maxVAF deemed optimal for delineating favorable and poorer prognostic subgroups in this patient cohort. Further validation and integration into existing prognostic scores are warranted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,040 | 0,061 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».