An Enigma of N-termini dependent protein degradation
Notice bibliographique
Résumé
The N-Degron rules that target proteins for degradation via their N-terminal sequences has expanded to encompass most N-terminal sequences. These destabilizing N-termini include many sequence combinations with the initiator methionine intact, including the recently reported N-terminal methionine followed by a basic residue. Despite the diverse sequences reported for N-Degron recognition and degradation system wide proteomic analysis has currently not observed these rules with endogenous proteins. Here we report on these apparent inconsistencies by validating the degradation of reporter proteins with N-terminal MK- and MR-sequences and also investigating global endogenous protein turnover by proteomics. In addition to verifying the reported degradation of proteins with MK- and MR- N-termini we have also identified an additional sequence dependency where an acidic residue following the basic residue inhibits protein degradation. Global protein degradation analysis using a metabolic labelling approach with azidohomoalanine failed to observe trends in cytoplasmic protein stability that correlates to the N-terminal sequence. Together we have been able to reproduce the apparent contradictory results reported using different methodologies. This included the use of different recombinant protein reporters to investigate MK- and MR- N-termini dependent protein degradation and an alternative proteomic method to quantify global protein degradation. This highlights the need into further investigations to complete our understanding of the mechanisms and roles of N-Degron pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».