RNA‐Seq‐based gene expression analysis of seed protein and sulfur amino acid accumulation in developing pea seeds
Notice bibliographique
Résumé
Abstract This research aims at identifying candidate genes associated with the accumulation of seed protein and sulfur amino acids (SAAs) by comparing the expression profile of genes in developing seeds of pea ( Pisum sativum L.) lines. Lines were selected from PR‐25, a recombinant inbred line population, derived from a cross between CDC Amarillo and CDC Limerick. The selected lines were high seed protein concentration (SPC) line PR‐25‐69, high SAA line PR‐25‐53, and low SPC and low SAA line PR‐25‐6. These lines were grown in a phytotron chamber, and developing seeds collected from three biological replicates of each line at 7, 14, 21, and 28 days after anthesis were used for RNA sequencing. By comparison of the gene expression profiles between SPC contrasting lines (PR‐25‐69 vs. PR‐25‐6) and SAAs contrasting lines (PR‐25‐53 vs. PR‐25‐6), 4920 differentially expressed genes (DEGs) were identified over the four time points. Of these, 2798 DEGs were downregulated and 2122 DEGs were upregulated compared to control (PR‐25‐6). The expression levels of the identified DEGs varied from log 2 twofold to log 2 10‐fold. Extensive transmembrane activities, including transportation of amino acids and proteins, were seen in the results of GO analyses. Downregulated DEGs represented 78 significant GO terms, while upregulated DEGs represented 52 significant GO terms. Some distinct biological processes were exclusively present in upregulated DEGs, for instance, reproduction and nutrient reservoir activities. Future studies will involve genetic variant analyses and the development of genetic markers based on the candidate genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».